Parafia św. Antoniego Padewskiego obejmuje dzisiaj swym zasięgiem dzielnicę Czyżkówko. W siedemnastym i osiemnastym wieku była to wieś zwana: Szuszkowko, Szyszkowko zaś w dziewiętnastym wieku: Czyszkowke, Czyskowke, a pod zaborami- Jägerhof. Po odzyskaniu niepodległości w 1920 r. Czyżkówko zostało włączone w obręb Bydgoszczy.
Na początku 1923 r. wśród mieszkańców Czyżkówka, należącego do okręgu duszpasterskiego parafii św. Trójcy, zawiązał się Komitet Budowy Kościoła. W listopadzie 1923 r. zakupiono nieruchomość przy ul. Koronowskiej (obecnie nr 5) z zamiarem zamiany znajdującej się tam sali na kaplicę. Poświęcenia kaplicy dokonał ks. Tadeusz Malczewski 24 lutego 1924 r. Pięć lat później przewodniczący Komitetu Budowy Kościoła prosił Kurię Arcybiskupią o utworzenie na Czyżkówku nowej parafii.
Po specjalnej prośbie mieszkańców Czyżkówka 1 lipca 1933 r. ks. Prymas August Hlond powołał nową parafię pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy w Bydgoszczy na Czyżkówku, wydzielając ją z parafii św. Trójcy. Liczba wiernych wynosiła wtedy ok. 6500 osób, a parafia obejmowała przedmieścia Czyżkówko i Miedzyń oraz wsie Prądy, Drzewce, Łochowo, Łochowice, Lisi Ogon, Czersk Kraiński, Osową Górę, Opławiec i Sanatorium w Smukale. Administratorem parafii został ks. Jan Baranowski. Parafia posiadała też trzy cmentarze: istniejący już przy ul. Chojnickiej oraz na Prądach i w Łochowie. Obecnie do parafii należy cmentarz przy ul. Chojnickiej. Dnia 25 czerwca 1924 r. wyruszyła pierwsza procesja Bożego Ciała, a pierwsza kolęda rozpoczęła się w 1935 r.
W 1936 r. zakupiono teren przy ul. Głuchej i mimo trudności finansowych jeszcze tego samego roku przystąpiono do budowy kościoła. W roku 1939 rozpoczęto wykonywać strop i wiązania dachowe, ale wojna przerwała budowę. Podczas okupacji msze św. odprawiane były w kaplicy (chociaż nie było już ks. proboszcza), natomiast w budowanym kościele Niemcy urządzili magazyn narzędzi budowlanych. Działania wojenne spowodowały uszkodzenia kościoła i wieży.
Od 15 maja 1945 r. proboszczem parafii został ks. Czesław Spychalski, który niezwłocznie podjął starania by usunąć zniszczenia i dokończyć budowę.
Dnia 1 grudnia 1945 r. Prymas Polski kardynał August Hlond dokonał uroczystej konsekracji nowej świątyni i ofiarował dla parafii relikwie św. Franciszka z Asyżu. Wciąż jednak trwały prace remontowo – wykończeniowe. W 1948r. zakupiono żyrandole, a rok później wykonano ambonę z wizerunkami św. Wojciecha, św. Stanisława, św. Kazimierza i św. Andrzeja Boboli. Natomiast 25 września 1951 r. ks. Prymas Stefan kardynał Wyszyński uroczyście poświęcił organy i ołtarz główny, którego podstawowym elementem jest figura św. Antoniego z dzieciątkiem Jezus oraz rodzice z dzieckiem uzdrowionym przez św. Antoniego, a w 1957 r. boczny ołtarz św. Józefa. W dniu odpustu 1961 r. ks. bp. Jan Czerniak poświęcił boczny ołtarz Matki Bożej. Trzy lata później były już gotowe projekty witraży do prezbiterium, przedstawiające „Tysiąclecie chrześcijaństwa w Polsce” oraz „Sobór Watykański II”. W późniejszym czasie pojawiły się witraże wzdłuż naw bocznych kościoła, po prawej stronie od wejścia „Zwiastowanie”, „Boże Narodzenie”, „Zmartwychwstanie”, „Zesłanie Ducha Świętego” oraz po lewej „Dobry Pasterz”, „Pan Jezus przebaczający”, „Przekazanie władzy Piotrowi”, „Pod krzyżem”.
W kościele ponadto znajduje się chrzcielnica, boczny ołtarz św. Franciszka, obraz św. Teresy od Dzieciątka Jezus, figurka św. Antoniego, która kiedyś znajdowała się w ołtarzu głównym kaplicy przy ul.Koronowskiej oraz krzyż, który jest pamiątką pierwszych rekolekcji z 1933 r. Na sklepieniu znajdują się malowidła przedstawiające: w środku Maryję Królową z aniołami, po prawej stronie od wejścia bp. Stanisława, św. Jacka, bł.Kunegundę, św. Kazimierza, św. Jana Kantego, św. Andrzeja Bobolę, św. Maksymiliana, a po lewej św. Wojciecha, św. Jolantę, bł. Czesława, bł. Salomeę, św. Stanisława Kostkę, bł. Bronisławę oraz św. Królową Jadwigę. Przed kościołem oprócz krzyża misyjnego znajduje się pamiątka nawiedzenia parafii w dniach 26-27 marca 1979 r. przez obraz M.B. Częstochowskiej.
Z początkiem sierpnia 1972 r. nowym proboszczem parafii został ks. Tadeusz Leśniewicz. W listopadzie następnego roku w kościele przybyły dwa obrazy: Matki Bożej Częstochowskiej i Św. Maksymiliana. Przez następne lata wykonano wiele prac remontowych i upiększających np.: nowe ławki, konfesjonały, oświetlenie, posadzkę, ogrzewanie czy figurę Serca Jezusa. Od 1984 r. prace kontynuował nowy proboszcz ks. Bogusław Kühn, który zabezpieczył pojawiające się pęknięcie i osuwanie części muru kościoła oraz rozpoczął budowę nowej plebani.
Od 1989 r. proboszczem parafii jest ks. Jan Graczyk. W ostatnim czasie dokonano w kościele wiele prac remontowych, m.in. malowanie kościoła, posadzkę marmurową z ołtarzem w prezbiterium, nowe ogrzewanie elektryczne, nową instalację nagłaśniająca, wymianę rynien, nowe tabernakulum oraz rozbudowę oświetlenia . W kościele przybył też obraz Jezusa miłosiernego. Na cmentarzu parafialnym zrobiono chodniki oraz nowe ogrodzenie. W budynku nowej plebani znajduje się kaplica św. Krzyża, w której w zimowe dni powszednie odprawiane są msze św.
Od 2013 roku Proboszczem parafii zostaje mianowany ks. Janusz Konysz, który kontynuuje rozwój parafii pod względem duchowym i remontowym. Zabiega o dotacje, zbiera ofiary i próbuje za zgoda konserwatora zabytków przywracać pierwotny stan świątyni. Poniżej zdjęcia otynkowanej i odremontowanej Wieży Kościoła.
W Wieki Czwartek 2022 roku Ks. Biskup Ordynariusz Krzysztof Włodarczyk nadal ks. proboszczowi Januszowi Konyszowi tytuł Kanonika Honorowego Katedry Bydgoskiej. Dnia 1 lipca 2022 został także Dziekanem Dekanatu Bydgoszcz I.
